ทางการจังหวัดอิชิกาวะ รายงานในวันจันทร์ (23 กันยายน) ว่า จำนวนผู้เสียชีวิตจากฝนตกหนักในคาบสมุทรโนโตะ ที่ทำให้เกิดน้ำท่วมฉับพลันและดินถล่ม เพิ่มขึ้นเป็น 7 ราย และยังมีผู้สูญหาย 2 คน รวมถึงคนที่ยังติดต่อไม่ได้อีก 5 คน นอกจากนี้แม่น้ำ 16 สายเอ่อล้น ถนนหลายสายได้รับความเสียหาย และชุมชนกว่า 100 แห่ง ถูกตัดขาดจากภายนอก
ในช่วง 48 ชม. จนถึงบ่ายวันอาทิตย์ เมืองวาจิมะมีฝนตกหนักวัดได้เกือบ 500 มิลลิเมตร และเมืองซูซุ มีปริมาณฝนเกือบ 400 มิลลิเมตร ซึ่งปริมาณดังกล่าวสูงกว่าระดับค่าเฉลี่ยของปริมาณฝนทั้งเดือนกันยายนถึง 2 เท่า แต่ฝนเบาบางลงแล้ว และสำนักงานอุตุนิยมวิทยาลดระดับคำเตือนฉุกเฉินฝนตกหนัก ที่เป็นระดับสูงสุดในหลายเมืองของคาบสมุทรโนโตะเมื่อวันอาทิตย์ เป็นคำเตือนธรรมดาในเช้าวันนี้แล้ว
แต่ยังมีคำเตือนให้ประชาชนในจังหวัดอิชิกาวะ และนีงาตะ ที่อาจมีฝนตกวัดได้กว่า 300 มิลลิเมตรใน 48 ชม. ให้เฝ้าระวังภัยพิบัติที่อาจเกิดจากฝนตกหนัก โดยบางพื้นที่ของสองจังหวัดนี้ได้รับผลกระทบจากแผ่นดินไหว 7.6 แมกนิจูดในบริเวณคาบสมุทรโนโตะเมื่อวันที่ 1 มกราคม และประกอบกับมีฝนตก อาจเพิ่มความเสี่ยงเกิดดินถล่มได้
และมีรายงานว่า บ้านพักชั่วคราวสำหรับผู้ประสบภัยแผ่นดินไหวส่วนใหญ่จากเกือบ 140 หลังในเมืองวาจิมะ ถูกน้ำท่วม หลังแม่น้ำใกล้เคียงเอ่อล้นเข้าท่วม รัฐบาลเตรียมนำข้าวและสุขภัณฑ์เคลื่อนที่เข้าไปมอบในพื้นที่ประสบภัยในวาจิมะ
แผ่นดินไหวเมื่อเดือนมกราคมทำให้มีผู้เสียชีวิต 236 ราย อาคารบ้านเรือนจำนวนมากพังถล่ม และเกิดไฟไหม้ครั้งใหญ่