ที่เกิดเหตุ เจ้าหน้าที่ชุดเก็บกู้วัตถุระเบิด พร้อมด้วย เจ้าหน้าที่ชุดพิสูจน์หลักฐาน ได้ตรวจสอบหาสะเก็ดระเบิด พบร่องรอยของหลุมระเบิดบนถนนหน้ามัสยิด จำนวน 2 จุด และเศษร่องรอยของสะเก็ดระเบิดบริเวณกำแพงมัสยิด ส่วนอีกจุดเป็นบ้านของชาวบ้านอยู่ใกล้มัสยิด ระเบิดเอ็ม 79 ได้ตกใส่หลังคาบ้าน โดยจากเหตุการณ์ดังกล่าวนั้น ทำให้มีผู้ได้รับบาดเจ็บ ทราบชื่อคือ นายอับดุลเราะแม โต๊ะตาหยง อายุ 65 ปี นายซอลาฮุดดิง สาคอ อายุ 19 ปีและ ด.ช.ไฟซอล สาคอ อายุ 11 ปี ทั้งหมดถูกส่งตัวไปยังโรงพยาบาลบันนังสตา ส่วนนายอับดุลเลาะแม โต๊ะตาหยง ซึ่งได้รับบาดเจ็บสาหัส และส่งตัวต่อไปยังโรงพยาบาลศูนย์ยะลา ทนพิษบาดแผลไม่ไหวเสียชีวิตในเวลาต่อมา
จากการสอบสวนทราบว่า ในขณะที่ราษฎรไทยมุสลิมกำลังเข้าปฏิบัติศาสนกิจช่วงละศีลอด ได้มีลูกระเบิด M79 ตกลงบริเวณใกล้เกาะกลางถนนหน้ามัสยิดกลาง แล้วเกิดระเบิดเสียงดังสนั่น จากนั้นมีลูกระเบิดขนาด เอ็ม 79 อีก 1 ลูก ตกบริเวณบ้านราษฎรใกล้กัน ทำให้มีผู้ได้รับบาดเจ็บทันที 3 ราย ดังกล่าว เบื้องต้นเจ้าหน้าที่เชื่อว่า คนร้ายได้ยิงระเบิด M79 มาจากพื้นที่ห่างจากด้านหลังมัสยิดกลาง เพื่อจะยิงใส่ สภ.บันนังสตา ซึ่งอยู่ฝั่งตรงข้ามมัสยิด แต่กระสุนหัวระเบิด ไปกระทบสายไฟหรือกิ่งไม้ จึงตกลงบริเวณถนนด้านหน้ามัสยิด ทำให้ราษฎรที่จะมาละหมาดที่มัสยิดได้รับบาดเจ็บและเสียชีวิตดังกล่าวดังกล่าว
ทั้งนี้ ทางเจ้าหน้าที่เชื่อว่า กลุ่มคนร้ายที่ก่อเหตุในครั้งนี้เป็นกลุ่มของนายอาหมัด ลือแบซา แกนนำกลุ่มก่อความไม่สงบ ที่เคลื่อนไหวอยู่ในพื้นที่บันนังสตา และลงมือก่อเหตุสร้างสถานการณ์ความรุนแรงอย่างต่อเนื่อง
ขณะที่ พล.ต.อ.อิทธิพล อัจฉริยะประดิษฐ์ ผู้บังคับการตำรวจภูธรจังหวัดยะลา ระบุว่า ได้สั่งการให้เจ้าหน้าที่ชำนาญการในการตรวจสอบหาวิถีกระสุน เข้าตรวจสอบจุดเกิดเหตุ และหาวิถีกระสุนจากจุดที่คาดว่าคนร้ายยิงมาจากหลังมัสยิดบันนังสตา โดยมีเป้าหมายคือ สภ.บันนังสตา เพื่อทำร้ายเจ้าหน้าที่ และเพื่อให้เกิดความโปร่งใส หลังจากที่มีข่าวสารบิดเบือนความจริงและใส่ร้ายความผิดให้ฝ่ายเจ้าหน้าที่รัฐว่าเป็นผู้ก่อเหตุลงมือกระการเอง