สำหรับวัดใหญ่ชัยมงคล ตามประวัติวัดกล่าวไว้ว่า ในสมัยสมเด็จพระนเรศวรมหาราช เป็นที่พำนักของ สมเด็จพระวันรัตน์ ผู้เป็นพระเถระที่สมเด็จพระนเรศวรทรงให้ความเคารพ ในคราวที่ทรงกระทำยุทธหัตถี ชนะพระมหาอุปราชของหงสาวดี สมเด็จพระนเรศวรมหาราชทรงพระพิโรธต่อบรรดาแม่ทัพนายกองที่ตามทัพไม่ทัน ทรงดำริจะลงพระราชอาญาประหารชีวิต แต่สมเด็จพระวันรัตน์ได้ทูลขอพระราชทานชีวิตของแม่ทัพนายกองเหล่านั้นไว้ โดยยกเอาพุทธประวัติตอนที่เจ้าชายสิทธัตถะบำเพ็ญเพียรอยู่ใต้ต้นโพธิ์ ก่อนที่จะตรัสรู้เป็นพระพุทธเจ้า ต้องผจญมารอยู่โดยลำพัง เปรียบเสมือนกับสมเด็จพระนเรศวรที่ต้องทรงกระทำยุทธหัตถีโดยลำพัง และได้ทูลแนะนำให้ทรงสร้างเจดีย์ใหญ่ขึ้นแทนการประหารชีวิต สมเด็จพระนเรศวรทรงเห็นด้วยและทรงให้สร้างพระเจดีย์ใหญ่ขึ้น ชื่อว่า "พระเจดีย์ชัยมงคล" ประมาณ พ.ศ. 2135 มีความสูง 1 เส้น 1 วา เป็นเจดีย์ ที่สูงที่สุดในจังหวัดพระนครศรีอยุธยามาจนทุกวันนี้