แต่ปัญหาที่ตามมานั้น ส่วนมากจะไปตกอยู่ที่ไทยลีก4 ที่มีสโมสรสมาชิกบางสโมสร มองว่าในบางโซนมีทีมน้อยเกินไป ทำให้ต้องเตะถึง 3 เลกต่างจากบางโซนที่มีทีมเยอะเช่นโซนอีสานและโซนกรุงเทพ เตะแค่ 2 เลกซึ่งบางทีมมองว่า สร้างความได้เปรียบเสียเปรียบเมื่อต้องมาเตะรอบแชมป์เปี้ยนลีกเพื่อเพลย์ออฟขึ้นไทยลีก 3
ส่วนทีมในไทยลีก3เอง บางทีมก็เสนอว่าการเล่นเป็นโซนบนและโซนล่างทำให้ต้องเดินทางไกลขึ้นทำให้มีค่าใช้จ่ายเพิ่มขึ้น ทำให้สโมสรต้องขาดสภาพคล่องจึงเสนอให้กลับไปรวมลีกเพื่อที่จะกลับไปเล่นเป็นโซนภูมิภาคเหมือนเดิม เพื่อสามารถเดินทางใกล้ขึ้นและประหยัดค่าใช้จ่าย
กรณีนี้ถ้าพิจารณาการแบ่งลีกของสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยนั้น น่าจะมีประโยชน์มากกว่าผลเสีย เพราะการแบ่ง 4 ลีก คือการเตรียมความพร้อมของสโมสรในระดับอาชีพและในแต่ละลีกก็มีเกณฑ์คลับไลเซนซิ่งต่างกัน เพื่อให้เหมาะสมกับทีมที่จะลงเล่นในแต่ละลีก
อย่างเช่นเมื่อเริ่มก่อตั้งสโมสรคลับไลเซนซิ่งในไทยลีก4 อาจยังไม่เข้มงวดเท่าไหร่เพื่อให้สโมสรค่อยๆเรียนรู้พัฒนาแบบมืออาชีพ เมื่อพร้อมแล้วการก้าวสู่ไทยลีก 3คือการก้าวสู่ลีกที่สูงขึ้น มาตรฐานเข้มกว่า และเดินทางไกลกว่า นั่นคือการจำลองสภาพการแข่งขันของไทยลีก 2 และไทยลีก 1 ลงมาในขนาดย่อมๆว่าทีมพร้อมหรือไม่ที่จะก้าวขึ้นไปในระดับที่สูงขึ้น ค่าใช้จ่ายต่างๆ การใช้นักเตะสนามต่างๆต้องได้มาตรฐาน ถ้าพร้อมก็สามารถก้าวไปไทยลีก 2 ได้
อย่างไรก็ตามถ้าสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย รวม ไทยลีก 3และไทยลีก 4 กลับไปเป็นลีกภูมิภาคเหมือนเดิม ก็อาจทำให้ไม่เห็นภาพว่า ทีมไหนพร้อมหรือไม่พร้อมแต่ถ้าให้ฟันธงว่าอย่างไหนมีประโยชน์กว่ากัน การแบ่ง ไทยลีก 3 และไทยลีก 4 ดูมีประโยชน์มากกว่า การรวมลีกกลับไปเป็นเหมือนเดิมอย่างแน่นอน