แจแปนแอร์ไลน์ เปิดเผยในวันพฤหัสบดี (26 ธันวาคม) ว่า ระบบถูกโจมตีทางไซเบอร์เมื่อเวลาราว 7.25 น. ตามเวลาท้องถิ่น ส่งผลให้เที่ยวบินในประเทศ 24 เที่ยวต้องล่าช้าราวหนึ่งชั่วโมง และเที่ยวบินระหว่างประเทศบางเที่ยวได้รับผลกระทบด้วย นอกจากนี้จำเป็นต้องระงับการจำหน่ายตั๋วเที่ยวบินทั้งในประเทศและระหว่างประเทศตลอดทั้งวัน ส่วนตั๋วที่จำหน่ายไปแล้วยังคงใช้บริการได้
นอกจากนี้แจแปนแอร์ไลน์ ชี้แจงว่า เกิดปัญหาขัดข้องในระบบการสื่อสารกับระบบภายนอก และสามารถปิดเราเตอร์ ที่สร้างปัญหาได้ก่อนเวลา 9.00 น. และกำลังพยายามกู้ระบบ แต่ยืนยันว่า ปัญหาที่เกิดขึ้นไม่ส่งผลในแง่ความปลอดภัยของการดำเนินงานให้บริการเที่ยวบิน
ขณะที่แหล่งข่าวชุดสอบสวน บอกว่า สายการบินได้แจ้งตำรวจว่า อาจเป็นเหยื่อของการโจมตีแบบ DDoS ที่ทำให้เครือข่ายได้รับข้อมูลมหาศาลจากหลายแหล่งในระยะเวลาอันสั้นจนทำให้ระบบล่ม
สื่อญี่ปุ่นรายงานว่า มีเที่ยวบินกว่าสิบเที่ยวดีเลย์ในสนามบินบางแห่ง แต่ไม่มีการยกเลิกเที่ยวบิน ส่วนสายการบินอื่น ๆ ไม่ถูกโจมตีทางไซเบอร์และบริการได้ตามปกติ